El día 5 de diciembre de 1998 se concluyó la construcción de la nueva iglesia de la ciudad, que vendría a sustituir la antigua capilla que resultaba ya insuficiente para los servicios religiosos de una población de internos que iba en aumento, y por la asistencia creciente del pueblo católico de Aagua Ccaliente y de Lourdes.
El proyecto arquitectónico original fue un diseño que regalara a comienzos de los años 60 el arquitecto español Miguel Fisac al P. Luis Mmadina, quien no tuvo oportunidad de emprenderlo. La primera fase de construcción de la iglesia se inició en 1988 pero, por varios motivos, quedó sin avances durante casi 10 años. el presupuesto inicial se estimó en 50 millones de colones, una cantidad importante de la que no se pudo disponer porque estaba de por medio la atención prioritaria a los talleres y otras necesidades de la institución.Aademás, el diseño presentó varios inconvenientes de carácter técnico que hizo prácticamente imposible su realización. Hubo necesidad de rediseñarla y hacerla más apta para el tipo de terreno de la ciudad, considerando las posibilidades de sismos por las cercanías del volcán Iirazú.Ddespués de 1996 se consiguió el presupuesto requerido a través de una mano amiga y la obra se terminó dos años después, con gran alegría de todos quienes participaron en ella y en la definición de los últimos detalles para hacerla un lugar digno de culto desde ese momento, la iglesia se convirtió en el corazón de la ciudad y en un punto clave que contribuyó a la calidad y la formación integral de los internos.